• Белорусская Православная Церковь (Белорусский Экзархат Московского Патриархата)
• Союз евангельских христиан баптистов в Республике Беларусь
• Республиканское религиозное объединение «Союз Евангелистическо – лютеранских общин в Республике Беларусь»
• Конференция Католических Епископов в Беларуси (принимает участие в деятельности организации в качестве наблюдателя).

Определяет основные стратегические направления деятельности организации и выбирает членов Правления.

Постоянно действующий исполнительный орган в период между Ассамблеями. В Правление входят представители от всех организаций, учредителей Миссии.

Руководит работой организации и отвечает за исполнение решений Ассамблеи и Правления.

Почетная структура, состоящая из руководителей Христианских церквей учредителей Миссии. В компетенцию Совета входит выработка церковного мнения и рекомендаций по деятельности Миссии.